생화학 경로 시뮬레이션: 효율적인 MATLAB 구현

초록

본 논문은 질량 작용 법칙에 기반한 결정론적 생화학 반응망을 ODE 형태로 자동 전환하고, 사용자가 직관적으로 입력·시뮬레이션할 수 있는 MATLAB 코드를 제시한다. 코드 구조, 스토이키오메트리 행렬 구성, 강직성 처리 방안 등을 상세히 설명하며, 유럽 CardioWorkBench 프로젝트의 심장대사 모델링에 적용된 사례를 통해 실용성을 검증한다.

상세 분석

이 논문은 생화학 네트워크를 수학적으로 정형화하는 과정과, 이를 실제 시뮬레이션 엔진에 연결하는 방법을 체계적으로 제시한다. 먼저, 모든 반응을 질량 작용 법칙에 따라 속도식 v = k·∏