시간에 따른 유전자 발현 프로파일을 위한 새로운 ‘Gene Profiling’ 방법론
이 논문은 시간 경과에 따라 특정 발현 패턴을 보이는 유전자를 찾기 위해, 차등 발현 검정과 동등성 검정을 동시에 수행하는 ‘Gene Profiling’이라는 새로운 통계적 접근법을 제안한다. 유전자 발현 평균을 사전에 정의한 프로파일을 나타내는 선형 결합으로 모델링하고, 교차‑합집합 검정(IUT)과 신뢰구간 포함(CII) 방식을 이용해 각 유전자의 파라미터를 평가한다. 저자들은 이를 배아 줄기세포의 pluripotency(다능성) 전이를 조사…
저자: ** - J. Tuke (University of Adelaide) - G. F. V. Glonek (University of Adelaide) - P. J. Solomon (University of Adelaide) **
본 논문은 마이크로어레이 시간 코스 실험에서 사전에 정의된 복합적인 유전자 발현 프로파일을 정확히 찾아내기 위한 새로운 통계적 방법인 “Gene Profiling”을 제시한다. 기존의 비지도 군집화(계층적 군집, SOM, K‑means 등)나 파레토 최적화와 같은 방법들은 개별 기준만을 만족하거나 부분적인 일치만을 허용해, 실제 연구자가 관심 있는 특정 패턴을 만족하는 유전자를 충분히 걸러내지 못한다는 문제점을 가지고 있다. 이를 해결하고자 저자들은 먼저 진정한 평균 발현 벡터 μ를 사전에 정의한 기준 벡터들의 선형 결합으로 표현한다. 예시로 제시된 pluripotency(다능성) 유전자 프로파일은 다음과 같이 모델링된다.
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