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📝 원문 정보
- Title: SCP Accelerating Discovery with a Global Web of Autonomous Scientific Agents- ArXiv ID: 2512.24189
- 발행일: 2025-12-30
- 저자: Yankai Jiang, Wenjie Lou, Lilong Wang, Zhenyu Tang, Shiyang Feng, Jiaxuan Lu, Haoran Sun, Yaning Pan, Shuang Gu, Haoyang Su, Feng Liu, Wangxu Wei, Pan Tan, Dongzhan Zhou, Fenghua Ling, Cheng Tan, Bo Zhang, Xiaosong Wang, Lei Bai, Bowen Zhou
📝 초록
이 논문은 다양한 계산 도구를 포함한 툴 목록을 제공한다. 이 도구들은 단백질 기능 예측, 분자 구조 시각화, 생물학적 데이터 처리, 물리화학적 특성 및 메커니즘 계산에 사용된다.💡 논문 해설
이 논문은 생명과학과 공학 분야에서 광범위하게 활용되는 다양한 툴을 정리한 것이다. 특히 단백질 기능 예측, 분자 구조 시각화, 생물학적 데이터 처리 등에 중점을 두고 있다. 각 도구는 특정 계산이나 분석 작업을 수행하는데 특화되어 있으며, 이들 도구를 활용하면 복잡한 생명과학 및 공학 문제 해결에 있어 효율성을 크게 향상시킬 수 있다.📄 논문 발췌 (ArXiv Source)
| 도구 이름 | 설명 | 카테고리 |
| 단백질 기능 예측. | 계산 도구 | |
| 기능 잔기 예측. | 계산 도구 | |
| 입력 단백질 시퀀스 문자열이 유효한지 확인. | 계산 도구 | |
| 입력 SMILES 문자열이 유효한지 확인. | 계산 도구 | |
| SMILES 문자열 목록 또는 SMI 파일 경로 목록을 다른 분자 형식으로 변환. | 계산 도구 | |
| 단백질 파일을 PDB 형식에서 PDBQT 형식으로 변환하여 도킹 준비. | 계산 도구 | |
| 단백질-리간드 복합체 파일을 CIF 형식에서 PDB 형식으로 변환. | 계산 도구 | |
| 단백질 구조를 시각화하고 이미지로 저장. | 계산 도구 | |
| 분자 구조를 시각화하고 이미지로 저장. | 계산 도구 | |
| 단백질-리간드 복합체 구조를 시각화하고 이미지로 저장. | 계산 도구 | |
| PDBFixer를 사용하여 단백질 구조 PDB 파일을 분자 도킹 준비를 위해 수정. | 계산 도구 | |
| 입력 smi 파일에서 SMILES 문자열 및 해당 화합물 이름 추출. | 계산 도구 | |
| 입력 fasta 파일로부터 단백질 시퀀스 파싱. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 기본 분자 속성 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 수소결합 관련 속성 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 물리화학적 특성 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 분자 복잡도 지표 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 위상 지표 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 주요 약물 유사성 지표 집계. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 Gasteiger 부분 전하 및 형식 전자 수 계산. | 계산 도구 | |
| 각 SMILES에 대한 사용자 정의 분자 복잡도 관련 지표 계산. | 계산 도구 | |
| 입력 단백질 시퀀스에 대한 물리화학적 속성 집계. | 계산 도구 | |
| 단백질 pdb 파일을 읽고 기본 구조 통계를 계산. | 계산 도구 | |
| 단백질 pdb 파일을 읽고 $`C_\alpha`$ 원자 좌표에 기반한 주요 기하학적 속성 집계. | 계산 도구 | |
| 단백질 pdb 파일을 읽고 세 가지 품질 지표를 계산. | 계산 도구 | |
| 단백질 pdb 파일을 분석하고 각 체인별 원자 이름, 잔기 이름, 체인당 원자 수의 발생 횟수 집계. | 계산 도구 | |
| 목표 분자와 후보 분자 목록 사이의 Tanimoto 유사성 계산. | 계산 도구 | |
| 입력 단백질 구조 파일에서 지정된 체인 또는 가장 긴 아미노산 체인을 추출하여 새로운 PDB 파일로 저장. | 계산 도구 | |
| PDB 파일로부터 각 체인의 아미노산 시퀀스 추출. | 계산 도구 | |
| 크기가 10MB 미만인 파일을 Base64 인코딩으로 변환. | 계산 도구 | |
| Base64 인코딩을 다시 파일로 변환. | 계산 도구 | |
| P2Rank를 사용하여 입력 단백질에서 리간드 결합 주머니 예측. | 계산 도구 | |
| QuickVina2-GPU를 사용한 분자 도킹 수행. | 계산 도구 | |
| 후보 소분자 목록 입력. | 계산 도구 | |
| Boltz를 사용하여 단백질(수용체)과 소분자(리간드) 간의 결합 친화력 예측. | 계산 도구 | |
| fpocket을 사용한 단백질 주머니 예측 및 기본 예측 도구 설정. | 계산 도구 | |
| CDS 좌표를 염색체좌표로 매핑. | 계산 도구 | |
| 다양한 변이 명명법 체계와 표현 간의 번역. | 계산 도구 | |
| 주어진 변이 및 윈도우 내 모든 다른 변이 사이의 LD 값 계산 및 반환. | 계산 도구 | |
| 주어진 변이들 사이의 LD 값 계산 및 반환. | 계산 도구 | |
| 정의된 지역 내 모든 변이 쌍 간의 LD 값 집계 및 반환. | 계산 도구 | |
| 어셈블리 간 좌표 매핑. | 계산 도구 | |
| 유전형 데이터에 기반한 관찰 트랜스크립트 혈통 서열 계산. | 계산 도구 | |
| VEP와 HGVS 표기법을 사용하여 여러 변이의 기능적 효과 예측. | 계산 도구 | |
| 특정 트랙에서 유전체 영역에 대한 데이터 얻기. | 계산 도구 | |
| InterProScan(도메인 분석)과 BLAST(유사성 검색)을 통합한 종합 단백질 분석 수행. | 계산 도구 | |
| 특정 계산을 위한 완전한 코드 작성. | 계산 도구 | |
| 일반적인 유효성 검사/확인 작업 수행. | 계산 도구 | |
| 대상에 항목 삽입. | 계산 도구 | |
| 항목 열기. | 계산 도구 | |
| 지정된 분석 소프트웨어를 사용한 실시간 PCR 실행 결과 분석. | 계산 도구 | |
| 프로토콜 텍스트로부터 실행 가능한 JSON 파일 생성. | 계산 도구 | |
| 제공된 PDF에서 실험 프로토콜 추출: pdf_url (str): PDF 파일 URL, 반환값: protocol (str): 프로토콜 텍스트, 인자: arguments (dict) - 도구 매개변수 사전 | 계산 도구 | |
| 기하학적 항목 $`\sqrt{\pi a}`$ 계산. | 계산 도구 | |
| 응력 강도 요인 KI 계산. | 계산 도구 | |
| 파괴 여부 결정. | 계산 도구 | |
| 새로운 이동성의 원래 이동성 대비 비율 계산. | 계산 도구 | |
| 격자 상수 a를 갖는 결정체 단위 셀 부피 계산. | 계산 도구 | |
| 질량을 부피로 나눈 밀도 계산. | 계산 도구 | |
| 알려진 지름, 길이 및 무게로부터 비례 상수 K 계산. | 계산 도구 | |
| 링의 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| 막대 한쪽 끝에 대한 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| 모든 막대의 총 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| 콘크리트 무게 계산. | 계산 도구 | |
| 지정된 단위에 따른 균열 길이를 미터로 변환. | 계산 도구 | |
| Griffith-Irwin 방정식을 사용한 임계 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 축응력이 0이 아닌지 확인. | 계산 도구 | |
| 특정 중량에 기반한 재료 밀도 계산. | 계산 도구 | |
| 질량과 밀도를 주어진 부피로 계산. | 계산 도구 | |
| 조화 진자용 각 주파수 계산. | 계산 도구 | |
| g/cm³ 단위의 밀도 계산. | 계산 도구 | |
| 영탄성계수를 GPa에서 MPa로 변환. | 계산 도구 | |
| 시스템 차원에 따라 Mott VRH 모델에 사용되는 지수 계산. | 계산 도구 | |
| 자화 각도 에너지 계산. | 계산 도구 | |
| 탄성계수를 GPa에서 Pa로 변환. | 계산 도구 | |
| 재료의 강도 기여 (E * A) 계산. | 계산 도구 | |
| 개별 강도 기여 합산하여 총 강도 획득. | 계산 도구 | |
| 파스칼 단위의 인장 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 페르사이클로 스트레스를 MPa로 변환. | 계산 도구 | |
| 오일 방울의 부피 계산. | 계산 도구 | |
| 원자 포장 요인 (APF) 계산. | 계산 도구 | |
| 두 가지 포장 요인 간의 퍼센트 차이 계산. | 계산 도구 | |
| 응력 단위가 허용된 단위 내에 있는지 확인. | 계산 도구 | |
| 혼합물의 법칙을 사용한 합금의 탄성계수 계산. | 계산 도구 | |
| 공중 구체에 대한 직경에 대해 중앙축에 대한 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| Hall-Petch 방정식을 사용한 용융 강도 계산. | 계산 도구 | |
| 이장률 및 원래 길이로부터 변형률 (차원 없음) 계산. | 계산 도구 | |
| 영탄성계수와 변형률로부터 단위 부피당 탄성 에너지 밀도 (J/m³) 계산. | 계산 도구 | |
| 재료 내에 저장된 총 탄성 에너지 계산. | 계산 도구 | |
| 응력을 페르사이클로 (Pa)로 변환. | 계산 도구 | |
| 응력 값을 페르사이클로에서 지정된 출력 단위로 변환. | 계산 도구 | |
| 압축률 계산. | 계산 도구 | |
| 부피와 밀도로부터 질량 계산. | 계산 도구 | |
| 뉴턴 단위의 무게 계산. | 계산 도구 | |
| 뉴턴 단위의 부력 계산. | 계산 도구 | |
| 나노미터로 측정한 총 두께 계산. | 계산 도구 | |
| 포이송비와 길이 방향 변형률을 사용하여 횡방향 변형률 계산. | 계산 도구 | |
| 열팽창으로 인한 길이 변화량 계산. | 계산 도구 | |
| 열수축 후의 최종 길이 계산. | 계산 도구 | |
| 길이의 상대적 변동률을 퍼센트로 계산. | 계산 도구 | |
| 방수를 위한 최소 코팅 두께 ($`\theta \geq 90^{\circ}`$) 계산. | 계산 도구 | |
| BCC 구조의 원자 반지름 계산. | 계산 도구 | |
| BCC 구조 재료의 밀도 계산. | 계산 도구 | |
| 후크 법칙에 따른 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 인터페이스 해제 발생 여부 결정. | 계산 도구 | |
| 안전 요인 계산. | 계산 도구 | |
| MPa에서 페르사이클로 (Pa)로 변환. | 계산 도구 | |
| 직사각형 단면에 대한 탄성 절단 모멘트 Z 계산. | 계산 도구 | |
| kN·m 단위의 탄성 모멘트 Mp 계산. | 계산 도구 | |
| 질량과 부피로부터 밀도 계산. | 계산 도구 | |
| GPa에서 페르사이클로 (Pa)로 전단계수 변환. | 계산 도구 | |
| 중앙축에 대한 공중 실린더의 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| 감소 후의 최종 표면 거칠기 계산. | 계산 도구 | |
| 단위 부피당 경도 증가 퍼센트 계산. | 계산 도구 | |
| J/$`m^2`$ 단위의 충격 내성 계산. | 계산 도구 | |
| kJ/$`m^2`$로 변환된 J/$`m^2`$ 단위의 충격 내성 계산. | 계산 도구 | |
| 중입자 (m³/m²) 단위의 중입자 부피 계산. | 계산 도구 | |
| 응력 진폭 계산. | 계산 도구 | |
| 평균 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 응력 비율 R = $`\sigma_{min} / \sigma_{max}`$ 계산. | 계산 도구 | |
| Jurin의 법칙을 위한 분자: $`2\times \sigma \times cos(\theta)`$. | 계산 도구 | |
| 세 가지 응력 목록을 내림차순으로 정렬. | 계산 도구 | |
| 주응력을 사용한 최대 전단 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 탄성 구역 반지름 계산. | 계산 도구 | |
| 상수 k와 지름을 기반으로 특이 표면적 (SSA) 계산. | 계산 도구 | |
| BCC 결정체의 인터플레인 간격 계산. | 계산 도구 | |
| BCC 구조에서 (h,k,l) 평면이 회절에 허용되는지 확인. | 계산 도구 | |
| 최대 부식률과 다공성에 따른 최소 결정 입자 크기 계산. | 계산 도구 | |
| 시험체의 연장 계산. | 계산 도구 | |
| 인터페이스 응력이 허용 응력을 초과하는지 확인. | 계산 도구 | |
| 변형률이 없는 상태에서 전도성 계산. | 계산 도구 | |
| 확산 계수와 프론트 속도의 비율로 특징적 길이 계산. | 계산 도구 | |
| 영탄성계수를 페르사이클로 변환. | 계산 도구 | |
| 재료의 총 질량 계산. | 계산 도구 | |
| 페르사이클로 단위의 전단 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 전단 응력 및 허용 응력을 기반으로 안전 평가. | 계산 도구 | |
| 직사각형 단면에 대한 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| FCC의 이론적 포장 요인 반환. | 계산 도구 | |
| 최대 및 최소 응력에서 응력 진폭 계산. | 계산 도구 | |
| 응력 비율, 피로 강도 계수 및 지수를 기반으로 피로 수명 (주기 수) 계산. | 계산 도구 | |
| 재료가 탄성 변형 단계에 있는지 결정. | 계산 도구 | |
| 다공성 물질의 효과적인 탄성계수 계산. | 계산 도구 | |
| 지정된 재료 유형에 대한 기본 매개변수 할당. | 계산 도구 | |
| $`kd / \sqrt{d}`$ 계산. | 계산 도구 | |
| $`\sigma_0`$ 및 $`\frac{kd}{\sqrt{d}}`$를 사용한 용융 강도 계산. | 계산 도구 | |
| 중력 힘을 기반으로 케이블의 무게 계산. | 계산 도구 | |
| 고체 구체에 대한 관성 모멘트 계산. | 계산 도구 | |
| 어떤 재료가 더 높은 잔여 강도를 가진지 확인. | 계산 도구 | |
| 재료의 초기 부피 계산. | 계산 도구 | |
| 최대 압축 힘 계산. | 계산 도구 | |
| 섬유와 매트릭스 탄성계수 간 차이 계산. | 계산 도구 | |
| 섬유가 복합재료의 탄성계수에 대한 기여 계산. | 계산 도구 | |
| 밀도와 부피로부터 질량 계산. | 계산 도구 | |
| 회전 모멘트 $`J = \frac{\pi}{2} \cdot r^4`$ 계산. | 계산 도구 | |
| 율동적 전단 응력은 용융 강도의 절반입니다. | 계산 도구 | |
| 성형 변형이 발생할지 결정. | 계산 도구 | |
| 재료의 부피를 질량과 밀도로 계산. | 계산 도구 | |
| 두께 기반 표면 거칠기 (Ra) 계산. | 계산 도구 | |
| 인터페이스 응력 계산. | 계산 도구 | |
| 오메가 저항을 킬로오메가에서 오메가로 변환. | 계산 도구 | |
| 오ーム의 법칙 V = I × R를 사용한 필요한 전압 계산. | 계산 도구 | |
| 노이즈 전류 계산. | 계산 도구 | |
| 물리적 매개변수에 따른 캐패시턴스 (파라드) 계산. | 계산 도구 | |
| 커패시터의 전하량 계산. | 계산 도구 | |
| 절연체 삽입 후의 캐패시턴스 계산. | 계산 도구 | |
| 전하와 캐패시턴스로부터 전압 계산. | 계산 도구 | |
| 음극과 양극 전위로부터 셀 전위 (V) 계산. | 계산 도구 | |
| Mott VRH 모델을 사용한 전기적 전도성 계산. | 계산 도구 | |
| 두 판 사이의 전기장 강도 계산. | 계산 도구 | |
| 오일 방울의 총 전하량 계산. |
📊 논문 시각자료 (Figures)
