Quantitative Biology

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생물학적 영감을 받은 CNN 아키텍처  LGN-CNN

생물학적 영감을 받은 CNN 아키텍처 LGN-CNN

이 논문에서는 시각 체계의 구조를 모방한 컨볼루셔널 신경망(CNN) 아키텍처인 LGN-CNN을 소개합니다. 이 아키텍처는 CNN의 첫 번째 컨볼루션 계층에 단일 필터를 구성하여 측면 유전체 핵(LGN)의 역할을 모방합니다. 신경망의 첫 번째 계층은 회전 대칭 패턴을 보여주며, 이는 네트워크 자체의 구조에서 파생된 것으로 Laplacian of Gaussian(LoG)의 근사치입니다. 후자의 기능은 다시 LGN 세포들의 수용 장 프로파일(RFPs)의 좋은 근사치가 됩니다. 신경망 아키텍처로부터 직접 도출되는 시각 체계와의 유사성이 확립됩니다. 고정된 LGN-CNN 아키텍처에 대한 회전 불변성을 증명하고 계산 결과를 제공합니다. 또한, LGN-CNN의 대조 불변성 능력을 조사하고 다양한 이미지에서 LGN-CNN의 첫 번째 계층과 LoG의 Retinex 효과 사이의 비교를 제공합니다. 두 번째 컨볼루션 계층의 필터에 대한 통계적 연구가 생물학적 데이터와 관련하여 수행되었습니다. 결론적으로, 제시된 모델은 LGN 및 V1의 RFPs를 잘 근사하고 Retinex 효과를 보이는 LGN 세포들의 장거리 연결에 대해 유사한 동작을 달성합니다.

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신경세포를 이용한 디지털 논리 회로  분자 통신 분석

신경세포를 이용한 디지털 논리 회로 분자 통신 분석

생물학의 발전에 따라 여러 새로운 도구들이 지난 몇 년 동안 현재 의료 절차를 대체할 가능성이 있는 것으로 개념화되었습니다. 대부분의 이러한 응용 프로그램은 다양한 만성 질환에 적용됩니다. 본 연구는 합성적으로 설계된 신경세포가 어떻게 디지털 논리 게이트로서 작동할 수 있는지를 조사하고, 이를 통해 뇌를 위한 생물학적 컴퓨팅을 실현하는 방법을 탐구합니다. 우리는 높은 발화율 하에서 신경세포 네트워크 내의 논리 게이트 정확도를 측정하며, 얼마나 원치 않는 신경세포 발화를 완화시키는지 분석합니다. 본 방법의 효능을 검증하기 위해, 논리 게이트 구조로 연결된 뉴런의 계산 모델로 구성된 시뮬레이션을 수행했습니다. 이러한 시뮬레이션은 올바른 논리 연산을 수행하는 정확도를 보여주었으며, 발화율과 같은 특정 속성이 정확성에 중요하게 작용할 수 있음을 밝혔습니다. 분석의 일부로써, 평균 제곱 오차는 우리의 모델 품질을 측정하고 다양한 샘플링 주파수를 기반으로 게이트의 정확한 동작을 예측하는 데 사용되었습니다. 응용 사례로서 논리 게이트는 신경세포 네트워크에서 발작을 억제하는데 사용되었으며, 결과는 발화율 감소에 대한 효과성을 입증하였습니다. 우리의 제안된 시스템은 뇌의 다양한 신경학적 상태를 계산하는 잠재력을 가지고 있습니다.

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SymSeqBench  규칙 기반 상징적 시퀀스 및 데이터셋 생성과 분석을 위한 통합 프레임워크

SymSeqBench 규칙 기반 상징적 시퀀스 및 데이터셋 생성과 분석을 위한 통합 프레임워크

(이 논문은 상징적 시퀀스 처리를 위한 통합적인 프레임워크 `SymSeqBench`를 제안하며, 이는 심리언어학 실험 설계부터 뉴로모픽 아키텍처 평가까지 다양한 분야에서 인간, 동물 및 인공 지능을 분석하는 데 사용할 수 있는 도구입니다. 논문은 형식 언어 이론의 개념을 활용하여 시퀀스 복잡성을 체계적으로 탐사하고, 실질적인 이론적 통찰과 실험적 접근법을 제공합니다.)

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대량 분석의 미래  질량 스펙트럼에서 구조 예측

대량 분석의 미래 질량 스펙트럼에서 구조 예측

액체 크로마토그라피 질량 분석법(LC-MS)을 기반으로 한 대사물질omics와 노출omics는 생물학적 샘플 내에서 감지 가능한 작은 분자들을 측정하는 것을 목표로 합니다. 이러한 결과는 대사 변화 및 질병 메커니즘에 대한 가설 생성 발견을 용이하게 하고, 환경 노출과 그들이 인간 건강에 미치는 영향에 대한 정보를 제공합니다. 대사물질omics와 노출omics는 LC의 높은 해상도 및 MS의 높은 질량 측정 정확도 덕분에 가능해졌습니다. 하지만, 이러한 연구에서 대부분의 신호들은 기존 스펙트럼 라이브러리가 LC-MS/MS로 포착된 광범위한 화학 공간을 거의 다 커버하지 못하기 때문에 전통적인 라이브러리 검색을 통해 식별하거나 주석하기 어렵습니다. 이러한 도전과제를 해결하고 대사물질omics와 노출omics의 전체 잠재력을 발휘하기 위해, 단일 질량 스펙트럼을 기반으로 화합물을 예측하는 여러 계산적 접근법이 개발되었습니다. 이러한 접근법들에 대한 출판된 평가는 다른 데이터셋과 평가를 사용했습니다. 실제 응용 프로그램을 위한 예측 워크플로우를 선택하고 더 나아갈 방향을 식별하기 위해, 최신 예측 알고리즘의 체계적인 평가를 수행하였습니다. 특히, 다양한 유형의 부가물에 대한 공식 예측 및 구조 예측의 정확도를 평가했습니다. 이로 인해 실제 성능 기준을 설정하고, 중요한 병목 현상을 식별하며, MS 기반 화합물 예측을 향상시키는 데 도움이 되는 지침을 제공하였습니다.

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알츠하이머, DNA 메틸레이션으로 조기진단

알츠하이머, DNA 메틸레이션으로 조기진단

본 연구는 신경망 기반의 컴퓨터 비전 모델을 개선하기 위한 세 가지 주요 방법론을 체계적으로 비교하고자 한다. 이 연구에서는 커스텀 학습, 트랜스퍼 러닝 및 사전 훈련된 모델 활용에 대한 성능 분석을 진행한다. 다양한 데이터셋에서의 실험 결과를 통해 각 방법론의 장단점을 파악하고 최적의 접근 방식을 제안한다. ###

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